Op 3 augustus 2019 werd Molefi Ntseki aangesteld als bondscoach van Zuid-Afrika. 
Op 31 maart 2021 werd Molefi Ntseki ontslagen als bondscoach van Zuid-Afrika. 
Tijdens de Kwalificatie African Nations Championship 2024, COSAFA Cup 2025 en African Nations Championship 2025 was Molefi Ntseki bondscoach van Zuid-Afrika.